有利方面是打破物种之间的界限，比如抗虫棉就是把别的生物的抗虫基因用限制性那切酶剪切下来，再转化进棉花的植物体内，这样棉花就能把虫子毒死了。
这个特点是杂交技术所不能比拟的，因为杂交技术只能是物种内的杂交，比如两种水稻，而不能是水稻和高梁。
缺点就是容易引起基因污染，比如抗虫棉的种子里的基因意外的进入杂草体内，那么这种杂草就不受虫子约束，会疯长了。
另外一个缺点是它的食品安全性。虽然现在没有证明出专基因食品不安全，但是大家仍旧担心它会对人体产生影响，比如美国自己的专基因土豆
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