旷工一天扣三天工资是不合法的，因为《劳动合同法》规定了用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，旷工一天应当指扣除当天的工资，扣三天不合法。
《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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