不起诉是不可以申请国家赔偿的。我国有规定，二次补充侦查的案件如果在调查之后，人民检察院仍然认为证据不足不符合起诉条件的，应当做出不起诉的决定。只有做出这个决定之后才可以申请国家的赔偿。而且时间是有限制的，必须是在收到不起诉决定书第二日起的两年内提出国家赔偿申请。
一、证据不足法院怎么判决
证据不足法院的判决如下：
1、刑事案件中，秉承疑罪从无原则，即检方证据不足的，法院会依据刑法及刑诉要求，判决因证据不足，被告罪名不成立，做出无罪判决；
2、民事案件或行政诉讼案件中，是由双方递交证据的，法院根据证据进行裁判。证据不足的一方，有承担败诉的风险。
刑事案件中，证据不足的具体处理方式如下：
1、在侦查阶段，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院；
2、在审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。犯罪嫌疑人没有犯罪事实的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和其所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放；
3、在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后三十日以内作出不起诉决定。需要重新侦查的，应当在作出不起诉决定后将案卷材料退回公安机关，建议公安机关重新侦查并书面说明理由。
二、轻伤二级检察院一定会不会起诉
不一定，如果达到人民检察院不起诉的条件的，可以作出不起诉的决定。
根据刑事诉讼法第175条第4款、第177条第1款的规定，不起诉分为法定不起诉和酌定不起诉两种类型。
(一)法定不起诉。包括两种情况，一是符合刑事诉讼法第16条规定的6种情形之一的，以及犯罪行为不是犯罪嫌疑人实施的，应当做出不起诉决定;二是对于经两次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，也应当做出不起诉的决定。
(二)酌定不起诉。指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的，人民检察院酌情决定，可以做出不起诉的决定。
《刑事诉讼法》第175条第4款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
第177条第1款规定，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
三、退回补充侦查的案件还可以起诉吗
两次退回补充侦查的案件不可以起诉。
根据《刑事诉讼法》第一百七十五条，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当做出不起诉的决定。做出的证据不足不起诉决定才能获得相应的国家赔偿，且申请人必须在收到不起诉决定书第二日起的两年内提出国家赔偿申请。
法定不起诉的情形不可以申请国家赔偿。国家赔偿法第十九条：属于下列情形之一的，国家不承担赔偿责任，依照刑事诉讼法第十五条，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
1.情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
2.犯罪已过追诉时效期限的；
3.经特赦令免除刑罚的；
4.依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
5.犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
6.其他法律规定免予追究刑事责任的。
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