法律分析：1.分公司是不是独立核算由公司自由决定。
2.营业税或者增值税等流转税种在当地缴纳，但如果公司跨地区设立了总分机构，所得税应当由总公司汇总计算，分公司按比例当地预交。
3.基于所得税汇总缴纳，肯定要汇总整个公司的报表，但是同时也要分开核算，能够区分分公司的收入，工资，资产。
4.总公司收不收取管理费用仅是公司内部的利润分配计算方式，因所得税要汇总计算，不会对整个公司所得税产生影响。
5.总公司收取管理费用的分录建议做管理费用的内部冲销，或者挂其他应收应付等往来科目，总公司最好不要确定收入，否则又要多交一道流转税。
法律依据：《中华人民共和国公司法》 第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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