是会进行另行仲裁的；法院裁定撤销仲裁裁决后，仲裁协议是对整个合同关涉的争议失效，还是只对仲裁过的合同争议失效问题，我国仲裁法第九条有相关规定：“裁决被人民法院依法裁定撤销或者不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉。”据此，法院撤销仲裁裁决后，仲裁协议应该只是“就该纠纷”失效;当事人若要“就该纠纷”再次提起仲裁，必须重新达成仲裁协议。
一、合同仲裁后还能不能再起诉
合同仲裁后不能再起诉。仲裁裁决作出后，除非仲裁裁定被法院撤销或者不执行，否则当事人再次向人民法院起诉同一纠纷的，法院不予受理。根据《中华人民共和国仲裁法》规定，仲裁实行一裁终局制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。人民法院依法裁定撤销或者不执行的，当事人可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院提起诉讼。
二、终局裁决是什么意思
劳动仲裁的“终局裁决”，是劳动争议仲裁庭对当事人提出的实体劳动争议所作出的裁决，该裁决自作出之日起即对用人单位发生法律效力。对于追索劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿和赔偿金，不超过当地月最低工资标准12个月金额的争议，或因执行劳动标准在工作时间、休息休假、社会保险方面发生的争议，均可实行终局裁决。裁决被人民法院依法裁定撤销或者不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉
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