法律分析：通行费专用发票能抵扣。电子发票也可以抵扣。收费公路通行费增值税电子普通发票，简称通行费电子发票，目的是推进物流业降本增效、提升车主的收费公路服务水平。目前全国已经取消了高速公路省界收费站，工作已转入联调联试阶段，电子发票即将大面积地取代纸质的发票。但是这并不意味着，纸质发票不可以再使用。
法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》第二十四条 任何单位和个人应当按照发票管理规定使用发票，不得有下列行为：
（一）转借、转让、介绍他人转让发票、发票监制章和发票防伪专用品；
（二）知道或者应当知道是私自印制、伪造、变造、非法取得或者废止的发票而受让、开具、存放、携带、邮寄、运输；
（三）拆本使用发票。
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