法律分析：《社会保险法》规定，参保人可通过社保卡或其他指定方式查询其社会保险账户余额。同时，《社会保险法实施条例》也对社保卡的使用进行了详细规定。因此，持有新农合社保卡的参保人可以通过特定的渠道查询其余额。
法律依据：
《社会保险法》第五十一条：参加社会保险的个人可以查询其社会保险账户的缴费和待遇情况。
《社会保险法实施条例》第六十六条：各级社会保险经办机构应当建立参保人社会保险账户管理系统，接收、保存和管理参保人个人基本信息、社会保险缴费记录、社会保险待遇信息等相关数据，提供查询服务。
综上所述，持有新农合社保卡的参保人可以通过特定的渠道查询其余额，具体操作可咨询当地的社保经办机构。
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