法律分析：公司规定迟到一分钟扣5块合法，具体如下：
1、如果公司规章制度中有迟到罚款，公司规章制度是通过民主程序制度，即制定颁布程序是合法的，只要罚款金额不超过法律规定的必要限度，就是合法的；
2、迟到，属于缺勤，但缺勤时间短，迟到时间不工作，不支付报酬符合规定；
3、无正当理由迟到，因迟到造成用人单位经济损失的，劳动者还应当赔偿损失。法律对迟到工资的具体扣发没有明确规定，可以由用人单位制定。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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