综合工时制休息日加班费的计算是按照被批准的周期乘以工资进行。
企业因工作情况特殊或受季节和自然条件限制，需要安排职工连续作业，无法实行标准工时制度，采用以周、月、年等为周期计算工作时间的工时制度。综合计算工时制必须经过批准，未经审批，企业无权自行决定实行综合计算工时制。
由于综合计算工时制以被批准的计算周期(周、月、季、年)来计算工作时间，所以其工作时间不受标准工时制最高额的限制。譬如被批准的计算周期是季度，则在一个季度中，总工作时间为20.83天×3月×8小时=499.9小时，而没有每天8小时和每周40小时的限制。但在一个计算周期内，如果工作超过499.9小时的部分，则应计算加班费。
一、综合工时是要签全日制合同么
综合工时的劳动合同需要双方合意拟定后签署，综合工时劳动合同中所用的是综合工时制，综合工时制必须经当地劳动局备案批准单位才可以实施，否则单位就是违法的。综合工时制平时没有加班的概念，在一个约定的计薪周期内（比如一个月或一个季度等），累计综合计算工作小时数，如果总时数超过同期标准工时制的标准工作小时，那么超出部分按照150％的日工资支付加班费，法定节假日加班同样是300％的工资。
标准工时工作制是每天工作时间不超过8小时每周工作时间不超过40小时；综合计算工时工作制是指在一个时间周期内采取集中工作和集中休息的工作方式，但每天的平均工作时间不超过8小时，每周的工作时间不超过40小时，超过的应当按照加班办理。综合计算工时工作制需要经过劳动部门的审批。
二、关于特殊工时的法律依据
《特殊工时管理规定》（征求意见稿）
第二条适用范围
中华人民共和国境内的企业，因生产特点或者工作性质特殊、不能实行国家规定的标准工时制度的，按照本规定实行特殊工时制度。
第三条特殊工时
本规定所称特殊工时制度包括不定时工作制和综合计算工时工作制。
第四条特殊工时制度的休息休假
企业安排劳动者在特殊工时制度岗位上工作的，应当事先与劳动者协商一致，并制定科学合理的劳动定额、工时考勤、休息休假、薪酬支付等办法，确保劳动者的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
1、不定时
第五条【实行不定时工作制的岗位范围】企业可以按照本规定申请在下列岗位实行不定时工作制：
（一）对企业经营管理负有决策、指挥等领导职责的高级管理岗位，包括董事长、总经理、副总经理、董事、监事等；
（二）劳动者可以自主安排工作时间且无考勤要求的技术、研发、创作等岗位；
（三）需要机动作业、由劳动者根据工作需要安排工作时间的外勤、推销、长途运输等岗位。
第六条【不定时工作制的工资】实行不定时工作制的劳动者，其年工资报酬不得低于企业所在直辖市、设区的市人民政府公布的本地区上年度职工平均工资。
2、综合计算工时
第七条【实行综合计算工时制的岗位范围】企业可以按照本规定申请在下列岗位实行综合计算工时工作制：
（一）地质及资源勘探开发、建筑、制盐、制糖、旅游、渔业、海运等行业中，部分受季节、资源、环境和自然条件限制需要集中作业的岗位；
（二）交通、铁路、邮政、电信、内河航运、航空、电力、石油、石化、金融等行业中，部分中断作业可能会影响社会公共利益的岗位；
（三）人力资源和社会保障部根据国务院鼓励或者扶持发展的产业政策，规定可以实行综合计算工时工作制的岗位。
第八条【综合计算工时的周期】符合前条第（一）项规定的岗位，企业可以申请以季度或者年为综合计算工时的周期。
符合前条第（二）项规定的岗位，企业可以申请以周、月或者季度为综合计算工时的周期。
符合前条第（三）项规定的岗位，综合计算工时的周期由人力资源和社会保障部规定。
第九条【综合计算工时工作制的加班限制】按照本规定实行综合计算工时工作制的，综合计算周期内的正常工作时间应当与法定标准工作时间相同，超出部分视为延长工作时间。
综合计算周期内延长工作时间的最高限额分别为：以周为周期的，不得超过15小时，且每月不得超过36小时；以月为周期的，不得超过36小时；以季度为周期的，不得超过108小时；以年为周期的，不得超过360小时。
第十条【综合计算工时工作制的休息保障】在实行综合计算工时工作制岗位上工作的劳动者，每日最长工作时间（含正常工作时间和延长工作时间）不得超过11小时。
企业应当保证在实行综合计算工时工作制岗位上工作的劳动者每两周至少有一个连续24小时的休息日。
第十一条【加班工资报酬支付】在实行综合计算工时工作制岗位上工作的劳动者，企业安排其在法定节假日工作的，应当按照劳动法第四十四条第（三）项规定支付法定节假日加班工资报酬。在综合计算周期内超过法定标准工作时间的部分，应当按照劳动法第四十四条第（一）项规定支付加班工资报酬。
企业与在实行综合计算工时工作制岗位上工作的劳动者解除或者终止劳动合同时，综合计算周期未满的，以劳动合同解除或者终止的时间为周期截止日，支付超过法定标准工作时间的加班工资报酬。
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