法律分析:
当事人对机关作出的违章建筑认定不服，存在争议，符合起诉条件的，法院会受理。提起行政诉讼应当符合以下条件：原告是符合法律规定的公民、法人或者其他组织；有明确的被告；有具体的诉讼请求和事实根据；属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖。《中华人民共和国行政诉讼法》第五十条
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，出具注明日期的书面凭证，并告知对方当事人。
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