先申报人到居住地村（社区）领取并如实填报证明，经村（社区）审核同意后，前往居住地乡镇卫生院或社区卫生服务中心免费进行流行病学史调查和体温检测，检测合格后由居住地乡镇卫生院或者社区卫生服务中心在证明上出具意见并签字盖章。
2疫情期间健康证明有工作人员签发的次日开始，三天之内有效，超过三天之后就要重新申报，流程和首次申请时一样。在申请提交之后，有关工作人员会通知会综合是进行安排，但是各地的时间会略有不同。
疫情防控的要求？.                                                                    严格限制前往中、高风险地区及所在县(市、区)，非必要不前往中、高风险地区所在地级市的其他县(市、区)。2.高风险岗位人员应尽量避免出行，确需出行的须满足脱离工作岗位14天以上且持48小时内核酸检测阴性证明，并在所在单位报备。3.发热病人、健康码“黄码”等人员要履行个人防护责任，主动配合健康监测和核酸检测，在未排除感染风险前不出行。4.出行前提前查询目的地的最新疫情防控政策，主动配合当地疫情防控措施，途中做好个人防护。
综合上述所说，疫情原因健康证停办了可以先到社区审核，再去乡镇卫生院等部门免费办理，要注意申报时间，不要超时。
法律依据：：《中华人民共和国传染病防治法》第四十一条对已经发生甲类传染病病例的场所或者该场所内的特定区域的人员，所在地的县级以上地方人民政府可以实施隔离措施，并同时向上一级人民政府报告