法律分析：一是性质不同。先行登记保存属于行政处罚过程中的证据保全措施，所指向的是证据。扣押则是一种行政强制措施，所指向的不仅仅包括证据，也可能包括了涉案物品。行政机关在采取先行登记保存后再发现有违法行为需要处罚的，应当及时采取扣押等行政强制措施；对不符合立案条件的，则应当在法定期限内解除先行登记保存措施。
二是实施的条件不同。先行登记保存是“在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下”可以实施，而扣押则应当是在“在行政管理过程中，为制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生、控制危险扩大等情形”下才可实施。实施扣押的条件要比实施先行登记保存的条件要严苛。
三是时限不同。先行登记保存需要在七日内及时作出处理决定。扣押的期限一般不得超过三十日；情况复杂的，经行政机关负责人批准，可以延长，但是延长期限不得超过三十日。法律、行政法规另有规定的除外（行政强制法第二十五条）。
四是对物权的影响不同。先行登记保存期间，“当事人或者有关人员不得销毁或者转移证据”，先行登记保存原则上应由当事人保存证据，涉案证据并未发生物权的转移，而仅仅是对其处分权做出了不得销毁或者转移的限制。行政机关采取扣押的行政强制措施后，涉案的财物在扣押期间内不可能再由当事人控制或者保管，即占有暂时的发生了转移（扣押多为动产、查封多为不动产）。
法律依据：《中华人民共和国行政处罚法》
第九条 行政强制措施的种类：
（一）限制公民人身自由；
（二）查封场所、设施或者财物；
（三）扣押财物；
（四）冻结存款、汇款；
（五）其他行政强制措施。
第十条 行政强制措施由法律设定。
尚未制定法律，且属于国务院行政管理职权事项的，行政法规可以设定除本法第九条第一项、第四项和应当由法律规定的行政强制措施以外的其他行政强制措施。
尚未制定法律、行政法规，且属于地方性事务的，地方性法规可以设定本法第九条第二项、第三项的行政强制措施。
法律、法规以外的其他规范性文件不得设定行政强制措施。
第二十二条 查封、扣押应当由法律、法规规定的行政机关实施，其他任何行政机关或者组织不得实施。