日本石龟区分纯不纯,主要看外观。纯种日本石龟稚龟与成龟的外观区别很大,稚龟的背甲为棕色,花纹不明显,而随着年龄的增加,日本石龟的背甲有着很大的变化,主要表现在背甲上的花纹逐渐明显。
纯种日本石龟整体基本上都是棕色的,而头部颜色会稍浅一些,两侧和颌部上长有深色的斑点。可能有一条棱突,其上也许会有一条浅色的条纹,但也许没有。后缘呈明显的锯齿状。背甲上可能具有清晰的特征性的年轮,还可能会有由放射状的细沟构成的精致纹样。