1、儿童体质指数异常
体重过轻或者超重甚至肥胖均是导致儿童乙肝疫苗接种无（弱）应答的重要因素。有研究认为“体质指数”为免疫失败的影响因素之一。对早产儿乙肝疫苗接种后免疫效果的回顾性分析显示，体重和接种剂量是影响早产儿乙肝疫苗的免疫效果的主要因素。早产儿体重过轻影响免疫应答效果。另有研究表明肥胖也可影响接种效果，其他研究也证实，体重超重是儿童乙肝疫苗接种不应答的影响因素。
2、儿童免疫功能耐受
儿童接种已经疫苗后无或弱应答与免疫耐受有关，而乙肝病毒感染或携带者是免疫耐受的重要原因之一。如果家中有乙肝病毒携带者可能已导致了受试者感染，或者其他自然原因感染了乙肝病毒，这两者注射乙肝疫苗后均不会产生预期效果。大量研究提示，母亲为乙肝病毒感染者的新生儿抗-HBs阳转率明显偏低，原因可能是胎儿接触乙肝病毒抗原，致使T细胞产生不同程度的免疫耐受，并对抗-HBs阳转形成负免疫调节作用，导致新生儿出生后对乙肝疫苗低应答。而如果不发生耐受，母亲携带HBsA克则会增加自然感染的机会而引起免疫儿童的自然加强免疫。
3、反复呼吸道感染
小儿因机体免疫力低下，易发生各种感染，呼吸道感染最为常见，呼吸道感染可使患儿机体免疫力进一步下降，有研究表明反复呼吸道感染继发免疫功能低下发生率达77.5%，乙肝疫苗免疫接种失败率达63.6%。