乙型肝炎为全身性感染性疾病，各系统均可产生并发症，慢性活动性肝炎时更可出现多个器官损害，消化系统常见的并发症有胆道炎症，胰腺炎，胃肠炎等。内分泌系统并发症有糖尿病等。血液系统并发症有再生障碍性贫血，溶血性贫血等。循环系统并发症有心肌炎，结节性多动脉炎等。泌尿系统并发症有肾小球肾炎，肾小管性酸中毒等。皮肤并发症有过敏性紫瘢等。
1、肝炎后肝硬化：由病毒性肝炎逐渐发展形成，我国肝硬化病例的绝大多数都是这一类型。慢性乙型肝炎和慢性丙型肝炎是导致肝炎后肝硬化的元凶，尤以慢性乙型肝炎更为突出(乙型肝炎肝硬化占肝炎后肝硬化总数的80%左右)。为什么病毒性肝炎会造成肝硬化呢？原来人的血液里有一种参与人体免疫功能的淋巴细胞，它能与肝炎病毒刺激机体所产生的抗体相结合，主动攻击肝细胞内的肝炎病毒，结果虽然病毒被消灭了，但肝细胞也受到了破坏。在肝细胞受到破坏后，纤维组织就去填补正常肝细胞的空缺，日积月累，就会使肝脏纤维组织不断增多，使肝脏变硬，肝细胞减少，功能下降，形成了肝硬化。肝硬化给人体带来的主要威胁是它产生一系列的严重并发症，这些并发症往往是致命的，如原发性腹膜炎、上消化道出血、肝性脑病等。
2、原发性肝癌：我国是肝癌的高发区，大多数肝癌都和慢性乙型肝炎有关。肝癌是恶性程度极高的一种疾病，虽然有多种方法可以治疗，但生存率仍很低。那么，怎样才能及早发现原发性肝癌呢？①甲胎蛋白的检查：原发性肝癌血清甲胎蛋白含量大于400微克/升，持续时间大于2个月;②B超或CT检查：B超对直径2厘米以上的肿瘤可以确诊，而CT则对更小的肿瘤可以确诊。
3、慢性重症肝炎：慢性乙型肝炎患者在一些不良因素(如过度劳累、长期酗酒或重新感染甲型或戊型肝炎病毒等)的诱导下，可以引起重症肝炎。重症肝炎是肝细胞发生大片坏死的表现形式，病情危重，病死率极高，必须提早诊治。重症肝炎的发病初期，黄疸日渐加深，且发展很快，血清胆红素每天升高16。7微摩尔/升以上;可出现腹水和顽固性中毒性鼓肠(严重的肠胀气)，患者诉腹胀难忍，可出现面部及下肢水肿，肝脏发生坏死、萎缩等。重症肝炎的后期，还可出现少尿或无尿等肾功能的损害，医学上称为肝肾综合征。病变发展到此种程度，预示着预后极差，病死率很高。