红树林沼泽起源于天然海岸沼泽湿地。河流有鉴江、九洲河和南渡河。各条河流每年携带大量淡水和陆地上流失的营养物质及泥沙流入大海，河流淡水与潮汐咸水交汇处的水质盐度呈梯度变化，大致在1% ~ 3%之间，咸淡程度主要受潮汐周期性变化及降雨季节影响，河口湾处的不同盐度海滩为耐盐能力不同的红树植物提供适宜的生长立地。雷州半岛东、西两岸的潮汐类型不同，东海岸的潮汐为不规则半日潮;西海岸的潮汐为不规则日潮。
红树林沼泽的土壤多为浅海沉积、潮汐及河流搬运的堆积物在红树林生长作用下逐渐发育形成的盐渍沼泽土。湛江保护区在抗御台风、减缓潮水流速、促淤造陆、保护堤岸、吸收转化污染物、净化海水等方面发挥着极重要的生态作用。1990: 广东省政府于 1 月 1 日 批准成立湛江红树林省级自然保护区，保护区旨在保护红树 林相关的鸟类资源，地点为廉江高桥，面积为 20_ 多公顷。
1992 : 经广东省林业局批准，省级保护区管理站在廉江高桥成立。
1995 : 湛江市政府申请将保护区面积扩大，并申请升级为国家级保护区。
1997 : 国务院批准该保护区升为国家级保护区。同年 11 月 7 日更名为湛江红树林国家级自然保护区。
20_年起，中荷两国政府通过中荷合作红树林综合管理和沿海保护项目(以下简称IMMCP项目)对该保护区及其海岸带自然资源实施保护和管理。IMMCP项目协助保护区恢复和保护红树林湿地以及相关沿海自然资源,项目涉及许多内容，重点是红树林的恢复、保护、教育和共管等方面。
20_ : 湛江红树林国家级保护区被拉姆萨公约组织列为国际重要湿地 。
20_: 保护区局长( 1 人)和副局长( 2 人)正式任命到位，保护区员工聘任全面展开。