由检察机关进行审查起诉，并根据审查起诉内容进行司法判决，批捕后一般还是在侦查阶段，侦查结束后公安机关会将案件移交到检察院，检察院审查后，符合起诉条件的会向法院提起公诉。如果认为有些事实不清，会将案件退回要求补充侦查，如果认为不构成犯罪的，则不会起诉。
一、司法机关的办理程序
1.人民检察院审查批准逮捕，可以讯问犯罪嫌疑人；有下列情形之一的，应当讯问犯罪嫌疑人：
(1)对是否符合逮捕条件有疑问的；
(2)犯罪嫌疑人要求向检察人员当面陈述的；
(3)侦查活动可能有重大违法行为的。
人民检察院审查批准逮捕，可以询问证人等诉讼参与人，听取辩护律师的意见；辩护律师提出要求的，应当听取辩护律师的意见。
2.检察院批捕后，公安机关可以继续刑事侦查：
1)、对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。
2)、公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
3)、人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。
4)、人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
5)、人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。
6)、人民法院审理公诉案件，应当在受理后一个月以内宣判，至迟不得超过一个半月。