个人所得税退税的操作方式有：
1、申请人自行申请退税：一般可以通过税务局网站、或者个人所得税手机APP、邮寄申办、或者直接前往办税服务大厅等方式进行办理年度汇算，并结清应退税款；
2、可以委托公司代缴个税人员协助办理退税，纳税人可向任职所在公司提供上个纳税年度在本公司之外的综合所得收入、相关扣除信息、以及享受税收优惠等信息资料，委托公司负责代缴个税的工作人员协助进行纳税申报并办理退税；
3、纳税人可委托涉税专业服务单位或者个人代为退税。
个人所得税扣除依据：
1、国家是由固定的个人所得税的税率的，每个人的收入不同，就会按照税率逐渐累加，显然每个月的收入越多，要缴纳的个人所得税也就越多；
2、每个月在基本工资中除了要扣除五险一金之外，就是要扣除个人所得税了。
综上所述，退税一般是由税务机关来进行处理，但退税也需要由纳税人进行操作，从而说明退税的原因，只要所提交的材料能够得到认可那么就可以保障自己的权益，但如果少缴纳有个税的话，那么同样也需要进行补交的，所以，一定要按法律所规定的流程来进行办理。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。