一、申请受理：
1、申请人：参合病人本人或者其配偶、父母、子女。参合病人本人不能亲自办理申请手续且没有配偶、父母、子女的，由其兄弟、姐妹代其申请；没有兄弟、姐妹的，由村民委员会负责人代其申请。由其代理人代理申请的，应当提交代理人的身份证复印件及与参合病人关系的证明材料。
2、受理机构：县级以下定点医疗机构。
3、申请结果：
（1）申请报销的参合病人身份证明材料真实、提交材料齐全的，应当场受理；
（2）对参合病人身份证明材料有疑义的，应移交合作医疗管理经办机构核实其身份；
（3）对提交材料不齐的，应一次性书面告知需要补齐的全部材料。
二、费用核算县级定点医疗机构：
由县级定点医疗机构合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署核算意见。乡镇定点医疗机构：由乡镇卫生院合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署初审核算意见后，由复核人员或者乡镇专职审核员对初审项目和补偿金额进行审核，签署审核意见。
三、费用兑付：
费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。
四、农村合作医疗报销所需材料：
1、身份证或户口簿原件及复印件；
2、新农合医保卡；
3、门诊病历、出院小结原件及复印件；
4、医疗费用原始收据；
5、费用明细清单；
6、若委托他人办理报销的，需提供受托人的身份证及复印件。