很多抗生素都是通过肝脏和肾脏代谢的，在其代谢过程中已经对肝、肾器官产生损害，而孩子体内的各种器官尚未发育成熟，更容易遭到抗生素的残害或潜在的残害，首当其冲就是肝、肾两个器官。
另外，庆大霉素、丁胺卡那等容易造成儿童耳聋，环丙沙星等对孩子软骨有潜在损害，氯霉素则可导致骨髓抑制和儿童灰色综合征。
造成二重感染
如果在病毒感染早期，大量应用抗生素也可使体内菌群失调，有利于病毒繁殖，出现抗生素相关性腹泻，加重患儿病情;还会增加小孩对药物的过敏反应，导致小孩二重感染、真菌感染以及湿疹、哮喘等疾病
增加幼儿患哮喘风险新生儿期和婴儿期应用抗生素可导致肠道菌群的改变，增加哮喘的发病风险。如果孩子在胎儿时期接触过抗生素，或者在出生后不久接受过抗生素治疗，那么他们日后患哮喘的风险可能增加。
孩子过早接触抗生素有可能造成其肠道有益菌群被破坏，导致形成“不成熟”的免疫系统，引发过敏反应，从而提高患哮喘的风险。
出现耐药性大量使用抗生素无疑是对致病菌抗药能力的“锻炼”，在绝大多数普通细菌被杀灭的同时，原先并不占优势的具有抗药性的致病菌却存留了下来，并大量繁衍。
而且由于药物长期刺激，使一部分致病菌产生变异、成为耐药菌株。如果细菌出现耐药性，一旦生病，就会用更多的抗生素对抗致病菌，致病菌为了抵抗抗生素就会加速基因变异。
增加儿童哮喘和超重风险大环内酯类抗生素会影响这些儿童的肠道菌群，扰乱儿童免疫系统，使其患哮喘等疾病的风险升高。另外，大环内酯类抗生素的总体使用量越大，儿童的身体质量指数(BMI)就越大，体重超重的风险也就越大。
可致营养不良抗生素会影响肠道菌群，导致肠道内益生菌减少，会导致一些肠道疾病，影响营养的吸收，导致营养不良。
缺乏维生素K因为维生素K是人体肠道益生菌合成，受抗生素的影响肠道内益生菌减少，所以维生素K也就随之减少。维生素K是凝血因子，其缺乏会导致易出血以及出血不止情况出现。
增加儿童1型糖尿病风险抗菌药物在婴幼儿人群中的使用相当普遍，有研究显示抗生素的使用破坏了肠道正常菌群，增加了儿童1型糖尿病的发生风险。肠道菌群失调和菌群多样性的破坏也与T1DM的发生有关。
破坏儿童免疫力抗生素杀死细菌的原理主要是通过模仿细菌所需营养成分的结构，让细菌“吃掉”抗生素，使其不能再获得其他营养，最后把细菌“饿死”。