1、土地性质不同
经济适用房所使用的土地为政府划拨，可享受很多政策优惠，这些优惠在商品房上是不肯能的，因为商品房所使用的土地是通过政府的出让获得。
2、产权限制不同
经济适用房用于使用的土地为政府划拨，因此房屋购买人不享有完全产权，在购买后只能拿到房产证，而无法拿到土地证，如果对于想卖房产的家庭来说，只能在5年后缴纳了土地出让金方可进行销售，而商品房则可随时买卖交易。
3、购买对象不同
经济适用房在建设完毕后，购买人只能是城镇的中低收入家庭，且名下无任何房产，而商品房则是只需购买人具有完全民事能力后即可购买。
4、房屋面积不同
经济适用房建设的目的就是保障性住房，并且出售给城镇中低收入的群体，因此房屋面积有一定的限制;而商品房在建设时其面积和结构完全由开发商决定，且购房者可灵活购买。
5、销售价格不同
经济适用房是由政府部门安排建设，建设的目的就是提供住房保障，因此价格上是政府部门决定较为便宜;而商品房价格则是由开发商决定，开发商毕竟是要赚钱的，因此价格上将会非常高。
1、已经住满5年的经济适用房
对于已经住满5年的经济适用房，业主现在可以依照目前市场价格进行出售，但出售后业主需按房屋成交额的10%补交综合地价款。按市场价格出售已购经济适用住房的，需凭契税完税凭证、房屋所有权证、住房转让合同等证件到房屋所在地国土资源和房屋管理局办理交易、产权过户手续即可。例如：一套面积为95平方米，原购房价格为2650元/平方米的经济适用房，若按现市场价3600元/平方米进行出售，则需按3600×95×10%计算，补交34200元的综合地价款。
2、尚未住满5年的经济适用房
对于尚未住满5年的经济适用房，由于政策规定则不允许按市场价格出售。因此，确需出售此类经济适用房的业主，只能以不高于购买时的单价出售，并且只能出售给符合经济适用住房购买条件的家庭或由政府相关部门收购。以原购房价出售已购经济适用房的，出售人需提供原住房买卖合同、住房转让合同等证件。若出售家庭符合条件可再购买经济适用住房。