1、原石不同
南红玛瑙内部是冻肉，外部为红肉，它的纹路看起来十分的锐利，并且纹路在转折的时候会呈现明显的角度，看起来较为清楚。而红玛瑙则是内外结构一致，与南红玛瑙的原石有着很大的区别。
2、颜色不同
颜色也是南红玛瑙和红玛瑙的区别之一，南红玛瑙相比红玛瑙更加的艳丽，其外形也更加的美观，具有一定的观赏性，同时还具有一定的油性，把玩时间越长颜色也就越红亮有光泽。而红玛瑙相对较淡。
3、质地不同
南红玛瑙和玛瑙的质地也有很大的区别，南红玛瑙其实是玛瑙的一种，它的质地与玉石十分的接近，仔细观察时南红玛瑙时，可以发现它的色彩会呈现透亮状态，而红玛瑙给人的感觉是一种玻璃感。