GEO数据库的搜索下载数据技巧

发布网友 发布时间:2024-10-23 23:25

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热心网友 时间:2024-10-25 21:50

GEO数据库,即GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由NCBI创建的全球基因表达数据仓库。创建于2000年,它收纳了全球科研机构公开的高通量基因表达数据,无论论文是否发表,只要涉及的基因表达数据,GEO都能为你提供查找途径。

访问GEO有两条主要路径:一是通过GSE编号,直接在ncbi.nlm.nih.gov/geo输入编号,详情可参考omicsclass.com/article/...;二是通过NCBI主页,搜索“GEO DataSets”,或者按基因表达量查找GEO Profiles,通过样品类型、实验处理和平台信息筛选数据。

在搜索过程中,理解界面元素至关重要。GEO界面与PubMed类似,包括检索框、结果列表、选项设定和检索记录。数据类型选择要根据需要,如常用的是series数据集。检索条件要精细,包括数据类型、实验平台、作者、物种来源和样品类型等,确保找到符合需求的数据。

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